기업 세 부담이 연간 약 4.7조 원 증가할 것으로 예측되었다. 김우철 교수(서울시립대학교)가 발표한‘최근의 법인세 인상 조치와 합산 세수효과’에 따르면, 이번 정부 들어 실시된 법인세와 지방세 관련 주요 14개 세법개정 사항의 증세 효과는 2016년에 약 4.7조에 달할 것으로 분석되었다.

김우철 교수는“일부에서 법인세 인상이 필요하다고 주장하지만, 이번 정부 들어 법인세와 지방세가 계속 개정되며 기업 세 부담이 4.7조 원 가까이 늘어날 것으로 분석되었다”며“이중 일부는 이미 실효세율 증가로 나타났으며, 아직 가시화되지 않은 업무용 승용차 과세나 기업소득환류세제 효과가 포함된다면, 그 증가폭은 더욱 커질 것”이라고 주장하였다.

김우철 교수의 연구에 따르면, 최저한세율 인상은 연간 8천억 원 규모의 법인세 추가 부담을 발생시킨 것으로 분석되었다. 과세표준 1,000억 원 초과 기업의 최저한세율은 ‘12년 2%p,‘13년 1%p 등 총 3%p가 인상된 바 있다.

대폭 줄어든 투자지원 세제도 약 1.3조 원의 세 부담을 발생시켰다. 고용창출투자세액공제* 기본공제율은 계속 낮아진 끝에,‘15년에는 대기업 기본공제가 사라졌으며, 중소기업 기본공제율도 3%까지 감소하였다.‘14년에는 세수확보를 이유로 에너지절약시설·환경보전시설 등 주요 시설투자에 대한 세액공제율을 낮추는 개정안이 통과되었다. 

신성장동력 발굴을 위한 연구·인력개발(R&D) 지원도 매년 줄어들었다.‘14년에는 R&D준비금 손금산입 제도가 폐지되었으며, R&D비용 세액공제율, R&D설비투자 세액공제율도 모두 낮아졌다.

기업들의 지방세 부담도 늘었다. 법인지방소득세의 독립세 방식 전환으로 법인지방소득세 세액공제가 사라지고, 산업단지 지방세 감면도 축소되면서 연간 총 1.3조 원 가량의 지방세 부담이 증가한 것으로 분석되었다.

전경련은 세법개정 영향이 대기업에게 집중되었을 것으로 추정하였다. 임시(고용창출)투자세액공제·시설투자세액공제 등 주요 투자지원 제도들을 보면, 공제율이 대기업에 차별적으로 줄어들었으며, 기업소득환류세제는 아예 대기업만이 적용 대상이다.

송원근 전경련 경제본부장은“올해 법인세수가 사상 최초로 50조 원을 넘어설 것으로 예상되는데, 기업 영업실적 개선보다는 이번 정부 들어서 이어진 세법개정으로 기업 세 부담이 증가한 영향이 큰 것으로 보인다”며“어려운 경제 상황에서 추가적인 법인세 인상은 투자·고용 여력을 더욱 약화시키고 국민들의 부담으로 이어질 것으로 우려된다”고 밝혔다.